这是一个鲜为人知但影响深远的故事，发生在《空壳里的幽灵》创刊前夕。2027年6月6日，军队特勤局501机关的一名成员里佐(由宫内敦配音)在市中心的一条街上被杀。他以前曾被卷入一起涉及武器销售的贿赂丑闻，无法逃脱。自然，他在死亡的背后隐藏着无数的秘密。在一个雨夜，公安局电子脑九班主任荒卷大辅(音)试图找回真房，在真房中座的墓地里，第一次见到了生化人草籽(音)坂本真绫。此时，草薙只是一名负责网络犯罪调查的501军官。在她访问期间，她希望找出钟佐被谋杀和冤案背后的真相，钟佐受到了双倍的尊重。谁知道呢，十二宫杀手的棺材早就不见了。之后，黄娟委托她进行调查。在一系列危险的调查过程中，她遇到了前特种部队成员巴特(由松田健一郎配音)和托古萨(由新垣樽助配音)，后者是新宾县的一名刑事警察。复杂的情况下，草薙和他的党被带到未知的一面...这部电影是根据士郎正宗的原著改编的。